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그냥 비행기 타고 가는 걸 추천합니다.
열차의 경우는 JR은 운임이 고정적이기 때문에 저렴한 가격대 이런 거 없다고 보시면 됩니다. 요금은 다 합쳐서 22280엔(급행 하마나스 이용, A,B침대칸 미이용)입니다.

이정도면 그냥 JR 전국패스를 고려해 보시는 것도 추천합니다

도쿄-삿포로 직통 야간열차는 침대특급 호쿠토세이(우에노 19:03발 - 삿포로 11:15착)와 카시오페아(우에노 16:20발 - 삿포로 09:44 착)이 있습니다.
소요시간은 약 16시간.

문제는 운임인데요, 정규요금을 다 낼 경우 가장 저렴한 호쿠토세이의 B침대를 타더라도 1인당 편도 35220엔이 필요합니다.(운임+침대요금+특급요금+제3섹터 통과요금) 전국판 JR패스를 사용하더라도 16000엔 정도의 추가요금이 필요하고요.
카시오페아의 경우에는

도쿄에서 신아오모리까지 신칸센 타고 가서 야간열차 하마나스나 수퍼하쿠쵸를 타고 하코다테 경유 삿포로까지 가면 됩니다. 근데 이렇게 갈 경우 운임이 할인항공권 정도로 나오는데다 시간도 몇배 걸리죠 JR패스는 무료로 좌석지정(침대제외) 되니 이렇게 가지 대부분은 비행기로 가세요 거리가 1000km는 될거에요

도쿄-아오모리 버스가 있던데 그거 타고... 아오모리 구경후... 배나,신칸센으로 하코다테 넘어가도 될듯합니다. ㅎ